O Colégio Estadual Missões foi criado a partir do decreto governamental de nº 9.793 de 09 de dezembro de 1958. Mas somente no dia 10 de março de 1963, no governo do Sr. Ildo Meneghetti, tendo como superintendente do Ensino Secundário o Professor Hipólito Justz foi que o Colégio Estadual Missões iniciou suas atividades como Primeira Escola Secundária Estadual da Região.
O Colégio Estadual Missões, carinhosamente conhecido como "Colégio Missões", recebeu este nome em memória aos Padres Jesuítas, pioneiros da Cultura e Educação do Rio Grande do Sul, cuja gigantesca obra, é marcada pelas Ruínas de São Miguel, Patrimônio Histórico da Humanidade.
A data do aniversário do "Colégio Missões" foi escolhida propositalmente para coincidir com o Dia de São Miguel: 29 de setembro. Por não possuir prédio próprio, o Colégio Missões iniciou suas atividades no prédio do Grupo Escolar Pe. Diogo Hase, no Bairro Pippi, durante o dia, e no noturno, no Prédio do Grupo Escolar Onofre Pires, por um período de 3 anos.No dia 03 de novembro de 1966, foi inaugurado o pédio próprio e, a partir de março de 1967, a Rua Barão do Triunfo, 264, passou a ser o endereço definitivo da Primeira Escola Secundária Estadual da Região.
O Professor Carlos Wilson Schröder foi o primeiro Diretor do Colégio Missões, assistido pelos professores Antônio Diel e Benedito Félix. Sempre dirigido por pessoas comprometidas com a Educação e com um distinto quadro de professores, o Colégio Estadual Missões tem contribuído com a sociedade, na "preparação" do aluno não somente para a vida, mas sobretudo fazendo-o viver a vida, valorizando a própria ação, criando uma atitude científica e participativa, tornando o processo educativo mais interessante, dinâmico, eficaz e humanizador, em conformidade com sua filosofia.
Nestes 53 anos de funcionamento, o Colégio Missões marca presença na área da educação nesta comunidade.
